Mord auf der Insel Gokumon spielt in Japan kurz nach dem Zweiten Weltkrieg und beginnt mit einem Prolog, in dem der Schauplatz vorgestellt wird. Die fiktive Gokumon-Insel oder Gokumon-to, was übersetzt "Höllentor-Insel" bedeutet, ist eine kleine Insel im Seto-Binnenmeer, die zunächst von Piraten und dann von Sträflingen bewohnt wurde, so dass die Bewohner von beiden abstammen und sich sehr von denen auf dem Festland unterscheiden - eine geschlossene Gemeinschaft von Fischern, die Außenstehende misstrauisch beäugt und deren Lebensweise und Lebensweise sehr unterschiedlich sind. Auf die Insel Gokumon reist der kürzlich entlassene Detektiv Kindaichi Kosuke, um die Nachricht vom Tod eines seiner Kriegskameraden, Mr. Chimata, zu überbringen, der der mächtigsten Familie der Insel angehörte - den Kitos. Als er mit einem an den Priester, den Bürgermeister und den Arzt adressierten Empfehlungsschreiben ankommt, wird ihm die Einreise ins Dorf erleichtert und er wird im Senkoji-Tempel willkommen geheißen und untergebracht. Doch schon bald stellt sich heraus, dass Kindaichi die Insel nicht nur besuchen wollte, um die Nachricht vom Tod seines alten Freundes zu überbringen. Chimata-san hatte Kindaichi nämlich gebeten, nach Gokumon zu gehen und seine drei Stiefschwestern zu retten, von denen er glaubte, dass sie nach seinem Tod getötet würden. Während Chimata-san zur Hauptfamilie Kito gehörte, gibt es auch eine Zweigfamilie, mit der die Hauptfamilie im Streit liegt und die von jedem Tod der Hauptfamilie profitieren würde. Nach Chimata soll sein Cousin Hitoshi (ebenfalls aus der Hauptfamilie) das Erbe antreten, aber auch er ist im Krieg in Birma. Weitere Mitglieder der Familie sind Chimata-sans Vater, der an einer Geisteskrankheit leidet und im Haus eingesperrt ist, seine drei Stiefschwestern im Teenageralter - Tsukio, Yukie und Hanako -, Hitoshis Schwester Sanae, die das Fischereigeschäft führt, während die Männer im Krieg sind, und Okatsu, die ehemalige Geliebte von Chimata-sans Großvater.Die Zweigfamilie besteht aus Gihei-san, seiner Frau Oshisho und dem gut aussehenden ehemaligen Soldaten Ukai-san, mit dem alle drei Schwestern von Chimata-san zu flirten scheinen.Während Kindaichi versucht, das Dorf kennenzulernen und seine soziale Struktur zu verstehen, geschieht der erste Mord - und zwar auf ziemlich grausame Weise.